La historia de la Musicoterapia está inserta desde los comienzos de la historia de la humanidad. Esto, ya que la música y/o el sonido han estado presentes en los rituales de los distintos pueblos y culturas desde la antigüedad, ejerciendo diversas funciones como: ser un canal de comunicación con sus dioses, realizar sanaciones, y como elemento fundamental de las distintas celebraciones propias de cada pueblo.
Posteriormente, y como hito fundacional de la disciplina, cuando concluye la segunda guerra mundial, diversas bandas musicales de la época comienzan a visitar los hospitales entregando su música a los heridos de guerra. El personal de los servicios hospitalarios comienza a notar que a partir de esto, los enfermos mejoran su ánimo y estado general de salud. Es en este momento que se comienza a sistematizar la información acerca de los efectos físicos y psíquicos de la música en las personas, y con esto, el comienzo de la Musicoterapia como disciplina científica.
En consecuencia, aparecen los primeros programas académicos, que dan sustento teórico y metodológico a la Musicoterapia, en las distintas Universidades de Europa y Estados Unidos. Aparecen también las primeras publicaciones dentro del contexto académico.
Actualmente, la Musicoterapia se utiliza en importantes hospitales del mundo, y en este contexto, los distintos especialistas como: médicos, psicólogos, psiquiatras y neurólogos, la recomiendan como parte del proceso de rehabilitación para tratar patologías tanto de índole psíquico como físico.
Dentro de América Latina se han formado programas de pre y pos grado, así como también, asociaciones profesionales en diversos países, algunos de ellos son: Chile, Bolivia, Uruguay, Ecuador, Brasil, Colombia, Puerto Rico y Argentina. Siendo este último país, el que ha alcanzado mayor desarrollo de esta disciplina a nivel latinoamericano y mundial.
En Chile, en el año 1977, la Antropóloga y musicóloga, María Ester Grebe, organizó el primer Seminario Chileno de Musicoterapia en la Facultad de Artes de la Universidad de Chile. Esto, con el patrocinio de la Escuela de Graduados de la Facultad de Medicina Norte. En dicho seminario destaca el Doctor Rolando Benenzon, por su importante aporte en el desarrollo de la Musicoterapia a nivel latinoamericano y mundial. Posteriormente, en la década de los 90, las Musicoterapeutas: Susan Bauer, quién se formó en la Escuela Superior de Viena; Patricia Ubilla, Postítulo en Musicoterapia en Barcelona y en conjunto con Patricia Lallana, Musicoterapeuta formada en la Universidad de Buenos Aires, serán las encargadas de gestionar la creación del actual Postítulo en Musicoterapia de la Universidad de Chile.
En Julio del año 2007 se realizó en Chile el III Congreso Latinoamericano de Musicoterapia, y tuvo como sede la Facultad de Artes de la Universidad de Chile, en Santiago.